Lider Zespołu Analiz Osiągnięć Uczniów (do 30 czerwca 2015). Dr nauk humanistycznych jest współzałożycielem i od 2004 roku przewodniczącym Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Diagnostyki Edukacyjnej. W latach 1988-1990 koordynował ogólnopolskimi badaniami na temat wykorzystania komputerów w edukacji w ramach międzynarodowych badań IEA „Comped Study” . Od 1990 do 1999 roku kierował Wojewódzkim Ośrodkiem Metodycznym w Krakowie, a następnie w latach 1999 -2007 był wicedyrektorem i dyrektorem Okręgowej Komisji Egzaminacyjnej w Krakowie.

Od 2007- 2009 roku w ramach projektów realizowanych w CKE - „POKL , Priorytet III, Działanie 3.2. Badania dotyczące podnoszenia jakości narzędzi systemu egzaminów zewnętrznych” dr Henryk Szaleniec kierował realizacją projektu “Monitorowanie efektu egzaminatora oraz przygotowanie wprowadzenia oceniania z wykorzystaniem narzędzi elektronicznych (electronic marking)”. Kontynuacją tego projektu jest “Przygotowanie systemu informatycznego do e oceniania”.

Od marca 2010 dr Henryk Szaleniec jest zatrudniony w Instytucie Badań Edukacyjnych. Wraz z zespołem realizuje projekt, którego rezultatem będzie wyskalowanie i zrównanie wyników egzaminacyjnych począwszy pierwszego roku wprowadzenia egzaminów zewnętrznych.